Venne edificata per l'Ordine dei Carmelitani tra il 1647 e il 1667, nel luogo in cui preesisteva la chiesa di S.Tommaso (1132), grazie alla volontà di Frate Pellegrino Donato. Nel 1674 i Carmelitani si trasferirono nella chiesa del Carmine e la loro chiesa fu acquistata dai conti Ferniani che la dedicarono a S.Filippo Neri.
La facciata si presenta equibrata e allo stesso tempo ricca di ornamenti. La superficie è mossa da vuoti e pieni grazie all'alternanza di nicchie, cornici, modanature e lesene, che creano un effetto di chiaroscuro. Altrettanto gradevole è la coesistenza di mattoni e pietra, anche se il laterizio risulta prevalente; in pietra sono il basamento, le volute laterali, situate nella parte alta della facciata, e le colonne che inquadrano la bifora sommitale in arenaria. Per il basamento in particolare sono stati utilizzati blocchi di pietra della Samoggia (località a otto chilometri da Faenza) di origine romana, recuperati nel luogo detto "il quadrone" sul greto del fiume Lamone.
L'interno si compone di una navata centrale, quattro cappelle laterali e dell'altare maggiore. Tutto l'interno era riccamente decorato con stucchi barocchi, poi eliminati da un radicale restauro avvenuto nel 1856,  cui rimasero solo i capitelli delle lesene. Sono visibili importanti quadri quali: "La Visione di San Filippo Neri", "L'incredulità di San Tommaso" e "Sant'Antonio da Padova rimprovera il tiranno Ezzelino da Romano".
Quando l'ordine di S.Filippo Neri fu soppresso nel 1777, la chiesa fu affidata alla Congregazione delle Anime Purganti, detta del Suffragio, da cui il secondo nome della stessa.