Sul luogo di una chiesa dedicata a S.Tommaso, sorse una nuova chiesa tra il 1647 e il 1667, per l’Ordine dei Carmelitani, costruita da frate Pellegrino Donato.
Per il basamento furono utilizzati blocchi di pietra della Samoggia recuperati nel luogo detto “il quadrone” sul greto del Lamone. Nel 1674 i Carmelitani si trasferirono nella chiesa del Carmine e la loro chiesa fu acquistata dai conti Ferniani che la dedicarono a San Filippo Neri.
L’interno era riccamente decorato con stucchi barocchi, eliminati nel 1856 per un radicale restauro. Rimasero solo i capitelli delle lesene.
Quando l’Ordine di S. Filippo Neri o dell’Oratorio fu soppresso nel 1777, la chiesa fu affidata alla Congregazione delle Anime Purganti (detta del Suffragio), proveniente dalla chiesa di S. Sebastiano, attuale S. Stefano.