La visione dello spazioso presbiterio è resa più suggestiva dall’ancona in marmi policromi, in cui il materiale prevalente è il rosso di Francia, questa conteneva l’immagine su tavola della Madonna dell’Angelo, ora in Santa Maria Nuova.
La grandiosa opera fu offerta dalla contessa Claudia Scotti Rondinini, alla Madonna; l’ancona fu concepita dal veneto G. B. Cavalieri, come un baldacchino sostenuto da quattro colonne sormontate da capitelli che dovevano ricordare quelli antichi.
La mensa si eleva su cinque gradini di rosso di Verona, mentre il timpano è sorretto da colonne di rosso di Francia; nella cimasa dell’attico in un tondo di marmo bianco è raffigurato il Padre Eterno benedicente.
Tra le colonne si trovano due lesene lavorate a bassorilievo che raffigurano scene belliche, probabilmente la ragione era legata al fatto che i faentini giungevano in preghiera alla Madonna raffigurata, in tempo di guerra. Dopo il trasferimento della famosa tavola, nel 1778, fu inserita una tela anonima attribuita al veneto Jacopo Amignoni, la “Madonna della neve” che rappresenta la Madonna in atto di sostenere il Figlio.
Quest’opera si caratterizza per la grazia dell’immagine, l’uso delicato dello sfumato e l’effetto smaltato dei colori.
Tra l’altare maggiore e la parete di fondo fu posizionato un antico organo, per volontà del cardinale Francesco Cennini de’ Salamandri, vescovo di Faenza nella prima metà del 1600.