La chiesa del Carmine fu costruita, col convento, nel 1501 dai frati gesuati che vi rimasero fino alla sospensione nel 1668.
Nel 1674 i carmelitani scalzi che già dal 1616 vivevano presso la chiesa oggi del suffragio in corso Mazzini, dove si trovavano a disagio, ricostruirono la chiesa e il convento e vi abitano fino alla sospensione del 1797.
Nel 1818 si trasferì nella chiesa la confraternita dello Spirito Santo e dal 1888 serve anche alle monache di S.Umiltà che vennero a abitare nel vicino convento e che continuano ad officiarla.