Santa Umiltà Negusanti nacque a Faenza nel 1226 da una nobile famiglia. In giovane età i genitori la diedero in sposa ad Ugonotto da Caccia nemici, giovane patrizio faentino, dalla cui unione nacquero due figli che morirono appena nati. In seguito a queste vicende, o forse per seguire un antica vocazione entrò fra le canoniche di S. Perpetua di Faenza, dopodiché si ritirò per circa 12 anni in clausura. Abbandonato il ritiro, la santa fondò una prima comunità con regola benedettina vallombrosana, in un monastero abbandonato dai padri agostiniani, a S. Maria Novella della Malta. Nel 1282 trasferitasi a Firenze, fondò qui un nuovo monastero, morì nel 1310.
La prima chiesa di S. Umiltà e del convento attiguo risale ai primissimi anni del 1500, qui furono raccolte le figlie di S. Umiltà nel momento in cui furono costrette a lasciare il monastero della Malta, fondato dalla Santa nel 1266 fuori Porta delle Chiavi, poiché, dopo aver sottomesso Imola, Forlì, Pesaro e Rimini, nel 1501 il Valentino si diresse alla volta di Faenza assediandola, fu in questo momento che il monastero di Malta vide la propria fine. In seguito, quando in città si instaurò il dominio dei Borgia, si cercò di provvedere ai danni e alle distruzioni provocate dall’assedio, fu allora che la cittadinanza si mosse affinché fossero ricostruiti la chiesa e il convento di S. Umiltà. La Magistratura faentina propose alle monache di ricostruire il loro monastero nel terreno di pertinenza del priorato di S. Perpetua del ordine di San Marco a Mantova, dove già in precedenza era sorto un monastero. La prima pietra del nuovo edificio fu benedetta da vicario faentino il 7 giugno 1502. in pochi anni l’opera fu portata a termine quasi completamente.
Fin dal sorgere della prima comunità di Malta fu notevolmente l’opera educativa compiuta dalle monache, le fanciulle delle nobili famiglie del faentino e dei paesi limitrofi venivano “messe in serbanza” e affidate alle cure delle monache che si occupavano della loro educazione e della loro vocazione religiosa.
Nel XVII secolo il complesso edilizio, comprendente la chiesa e il convento, si ingrandì grazie all’acquisizione di nuove case attigue a quella già in proprietà delle monache. Fu realizzata in questo periodo l'attuale chiesa di S. Umiltà.
Dopo l’ascesa di Napoleone Bonaparte in Italia e con l’avvento dei francesi a Faenza, la vita del monastero fu più volte turbata. Furono sequestrati i beni; i libri dell’economia passarono alla municipalità e anche la funzione educativa, fino ad allora esercitata, registrò notevole calo dovuto al fatto che le famiglie non ritenevano più sicuro per le proprie figlie il soggiorno nel monastero.
Quando nel 1798 fu deliberata la soppressione dei conventi, la municipalità faentina divenuta proprietaria dei locali li affittò a famiglie. Dal 1821 al 1846 si ebbe un rifiorire della vita in  monastero, per prima cosa furono riacquistati tutti i locali e la comunità si ingrandì, dal momento che vi entrano a far parte monache provenienti da altre comunità religiose, i cui conventi erano stati soppressi, anche le attività di cui si occupavano ricominciarono.
Dopo l’Unità d’Italia il monastero non fu coinvolto dalle leggi di requisizione e le monache continuarono a vivere in comunità fino al 1888, anno in cui si trasferirono altrove e i locali furono ceduti al Municipio.