A seguito di una Bolla di Papa Martino IV del 1418, diversi piccoli ospedali di Faenza furono concentrati nel nuovo Ospedale di S. Maria della Misericordia, il cui edificio sorse sul corso di Porta Imolese verso il 1426.
Il nucleo originario consisteva in un corpo rettangolare, esteso da via Cavour a via Pascoli, con un ampio portico ad archi ribassati e l’ingresso al centro, in corrispondenza dell’odierno civico 72. Subito a destra dell’ingresso vi era lo scaloncino d’accesso al piano superiore, ricostruito in seguito nella stessa posizione. I locali interni erano costituiti principalmente da grandi saloni di degenza, mentre sopra il portico vi erano solo magazzini con un’altezza molto inferiore a quella attuale, illuminati da finestrelle quadrate.
In angolo con via Monaldina (oggi Pascoli) sorgeva la chiesa; vi era inoltre un’ampia area cortilizia che raggiungeva un vicolo privato (attuale cortile di servizio con ingresso da via Pascoli). Inizialmente l’istituto ospitava sia infermi che neonati abbandonati, ma dopo il 1500 quest’ultima divenne la sua funzione esclusiva ed assunse il nuovo nome di Ospedale Casa Dio.
Per oltre due secoli, tutti i bambini abbandonati nella famigerata “ruota” sotto il loggiato ed affidati all’istituto assunsero il cognome “Casadio”, che al giorno d’oggi a Faenza è ancora frequentissimo.
Nei secoli successivi la struttura dell'orfanotrofio venne ampliata per far posto ad altri locali e al numero crescente dei bambini ospitati, ma il problema restava l'affollamento (nel 1765 gli ospiti dell’Ospedale Casa Dio erano ben 130), e di conseguenza era notevole il bisogno di nuovi spazi. La soluzione del problema venne pochi anni dopo: la soppressione dei Gesuiti da parte del Papa Pio VI nel 1773 liberò il loro convento (attuale Liceo Classico e Pinacoteca), nel quale si trasferirono i padri Cistercensi dal monastero di S. Maria Vecchia. L’Ospedale Casa Dio fu a sua volta spostato nell’ex convento cistercense.
Nei secoli successivi l'orfanotrofio passò di mano in mano costringendo le nuove gestioni a una ristrutturazione completa dei locali e del loggiato, i lavori iniziarono nel 1853, e consistettero in improrogabili interventi di consolidamento del loggiato sul corso (fra l’altro, una delle colonne era fratturata). Nel 1859 i lavori erano ancora in corso ma gli eventi politici italiani (caduta del governo papale e nascita del Regno d’Italia) interruppero la ristrutturazione. Nel frattempo, fino dal 1850 una parte dei locali prospettanti sul cortile est fu affittata all’Asilo Infantile, fondato tre anni prima dal Cav. Giovanni Ghinassi.
Quattro anni dopo però il contratto fu disdetto, perché la Congregazione aveva intenzione di utilizzare quei locali per l’Ospitaletto delle Abbandonate (che aveva sede in una casa in via Pascoli e soffriva per carenza di spazi). Nel 1855 furono perciò svolti alcuni lavori a questo scopo. L’Ospitaletto ebbe però vita breve, e fu abolito nel 1863: l’Asilo Infantile tornò così ad occupare gli stessi locali, godendo pure del risultato della ristrutturazione.
Nel 1870 fu finalmente possibile riprendere i lavori di ammodernamento del complesso, che culminarono nel 1872 con la sopraelevazione dei locali sopra il loggiato, la cui linea di gronda prima raggiungeva appena l’imposta degli archi delle finestre attuali. Furono così realizzati la serie di finestre archiacute ed il cornicione in stile neogotico. Gli stemmi posti fra le arcate del portico ricordano i principali benefattori delle opere di carità, dalla fine del Cinquecento alla metà dell’Ottocento.
Nel 1873 iniziò l’opera di regolarizzazione delle porte delle botteghe affacciate sotto il portico sul corso, partendo dalla porta della farmacia che ancora occupava il locale d’angolo con via Cavour e solo nel Novecento fu sostituita dal caffè Caroli. Tale porta fu leggermente spostata, fino a situarsi al centro della seconda campata del portico, e lo stesso fu via via eseguito anche per le altre botteghe, ove necessario. Anche nel corso del Novecento vi furono nuove ristrutturazioni ed ammodernamenti, legati alle esigenze degli uffici delle Opere Pie e dell’Asilo.
L’opera di maggior rilievo fu la risistemazione dell’ingresso delle Opere Pie nel 1928, con la ricostruzione del loggiato e dello scalone che davano accesso agli uffici. Anche l’altro loggiato, sul lato sud dello stesso cortile, fu ricostruito probabilmente negli anni Trenta del Novecento.
Negli anni Settanta, i locali posti nel corpo cinquecentesco ed al piano superiore dell’ala centrale furono occupati dal Consorzio sociosanitario, poi USL 37. In seguito, prima l’Asilo poi le Opere Pie abbandonarono il complesso che, dopo alcuni anni di abbandono, intorno al 2007-2009 è stato integralmente restaurato e adibito ad abitazioni, uffici e negozi.