Negli interventi architettonici promossi da Fra Sabba nel complesso della Commenda è frequente l’utilizzo del cotto come decorazione. Questa tipologia ornamentale è particolarmente frequente nel lato sud del chiostro, nel quale sono inseriti tre dischi in terracotta dal diametro di circa cinquanta centimetri. Partendo da destra raffigurano gli stemmi di Fra Sabba, del pontefice Clemente VII e dell’Ordine dei Cavalieri di Malta.
Al di sopra delle arcate e alla sommità del muro si trovano due iscrizioni: la prima si riferisce ai restauri avvenuti tra il 1518-25, la seconda è un’epigrafe dalla connotazione umanistica che la rende plausibilmente appartenente al 1530-40, periodo della scuola di grammatica istituita da fra Sabba.
Sono insolite, invece, le tavolette quadrate in terracotta con una maiuscola a rilievo su ognuna di esse, compaiono dei decori in cotto anche in una saletta a pian terreno.
Grazie ad un recente lavoro di pulitura sono emerse testine angeliche in cotto e affinate teste equine.