Durante il ‘500 venne rifatto anche l’organo, a seguito della morte di Elena Fioravanti nel 1540. Ella lasciò nel suo testamento alcuni suoi beni immobili, i cui redditi dovevano essere devoluti per la costruzione di un nuovo organo. Anche altri fedeli si resero disponibili per il finanziamento, così il convento fece preparare da Pietro Donelli un preventivo e un progetto. Egli si impegnò per terminare l’opera in un anno e curarne la manutenzione gratuitamente mentre Pietro, il padre, si occupò della costruzione della cassa, secondo il progetto già esistente.
Nel 1559 l’organo venne consegnato e collocato dove stabilito ma il giudizio di Paolo da Bergamo, organista della chiesa di S. Domenico di Bologna, sostenuto da quello di Giovanni Ferrarese, esperto in materia, non fu positivo. Donelli ne riconobbe alcuni difetti, giungendo all’accordo di accontentarsi di circa un terzo del denaro inizialmente stabilito. Il lavoro sarà infine completato dal maestro Giovanni Cipri da Ferrara che lo portò ai livelli dell’organo di S. Domenico di Bologna.