L’ iter del grande complesso religioso di S.Francesco parte dalla prima documentazione della presenza dei Frati Minori in città fino dal 1231.
La prima chiesa francescana apparteneva ai “frati gaudenti di S.Maria Gloriosa”, e solo nel secolo XIV la dedicazione fu sostituita con quella di S.Francesco, in una struttura di stile gotico del tipo conventuale, a tre navate e copertura a travi, con una porta sul lato destro, provvista di un bell’ arco gotico visibile anche oggi.
A sinistra della chiesa sorgeva il convento, col primo chiostro all’ interno e il cimitero nell’ attuale piazza. L’ importanza dell’ ordine francescano assume particolare rilievo nel secolo XVI, con ampliamento del convento, costruzione del secondo chiostro, e corridoi di collegamento fra ambienti a uso privato e di utilizzo pubblico.
Le principali famiglie faentine (ricordiamo i Manfredi, i Della Rovere e i Bazzolini) desideravano avere in questa importante chiesa un luogo in cui seppellire alcuni propri defunti. Per questo, a fine Quattrocento e nel primo trentennio del Cinquecento, fecero erigere nelle navate laterali diverse cappelle, arricchendole, a cura di artisti chiamati da Firenze e Bologna, con dipinti, sculture e arredi, finiti poi in varie collezioni pubbliche e private.
Assume particolare importanza la cappella dei Della Rovere, prima cappella di destra, ove nel 1532 viene deposta l’ immagine sacra dell’ “Immacolata Concezione”, proveniente dal monastero delle Clarisse. L’ icona, fra le più venerate di Faenza anche oggi, é una pittura a tempera su tavola di legno che raffigura la Madonna col Bambino in braccio. La superficie pittorica, molto ritoccata e in parte ridipinta, rimanda nello stile a precisi canoni bizantini del secolo XIII.
La crescente devozione alla Madonna da parte della popolazione faentina portò anche all’ istituzione della “Confraternita dell’Immacolata”, per tutelarne il culto. Infatti la stessa Confraternita, nel 1714, per dare più degna visione all’ immagine dell’Immacolata, decise di costruire l’attuale sontuosa cappella, che rappresenta un pregevole modello di architettura settecentesca e fu il primo vero intervento di modifica nella basilica gotica.
Infatti, nel 1740 la comunità francescana decise di modificare completamente la vecchia chiesa trecentesca, e di procedere alla costruzione dell’ attuale complesso. I lavori vennero affidati ai capomastri faentini Boschi e Campidori, sotto la direzione dell’ imolese Cosimo Antonio Mattoni.
Durante la Seconda Guerra Mondiale la chiesa ha avuto danni, ora restaurati, sia alla cupola della Cappella della «Concezione» che nella volta absidale.