La chiesa è dedicata a S.Agostino solo dal XV sec., anche se i Padri Agostiniani vi erano insediati già nel 1256: in precedenza la chiesa era detta di S. Giovanni Evangelista od anche di S. Giovanni in Sclavo per via del patronato dell’antica famiglia Sclavi, forse di origine longobarda.
Nel 1271 la chiesa assunse forme gotiche, di cui restano poche tracce (resti di finestre, archi, varie parti murarie) sulla fiancata esterna sinistra (quella su vicolo S. Agostino) e lo stesso avvenne nell’attiguo convento, di cui restano la porta della sala Capitolare le belle arche parietali in cotto sotto il lato sinistro del chiostro.
Agli inizi del 1700 alla chiesa vennero conferite le attuali forme barocche, ad opera di Carlo Cesare Scaletta poi di Raffaele Campidori, forse con la collaborazione dei capomastri Antonio e Giambattista Boschi: Il campanile, costruito nel 1712, venne purtroppo minato e fatto saltare dai Tedeschi nel 1944 e ricostruito in laterizio nel 1962, di colore e aspetto assai diverso da quello originale.
L'opera d'arte più importante è una tavola cinquecentesca con Madonna e Santi del faentino Sebastiano Scaletti, collocata in alto lungo la navata sinistra. Nella parete sinistra del presbiterio è collocata una grande tela (6 x 4 metri), incompiuta, con la “Madonna di Casola”, rara opera del faentino Domenico Matteucci, uno dei maggiori ceramisti faentini del XX secolo.