La cripta di Sant’Ippolito è uno tra i monumenti medioevali faentini più interessanti dal punto di vista architettonico, questa tornò alla luce nel 1894 ed è composta di tre ambienti: uno centrale maggiore diviso in due navate, uno laterale sinistro, anch’esso diviso in due navate ed uno laterale destro coperto da una volta a botte; le murature dei vari ambienti suggeriscono varie fasi di costruzione. La cripta venne scoperta nel 1894 ad opera dell’ingegnere Antonio Zannoni. Nel corso dell’800 solamente il vano di destra venne utilizzato in maniera pratica, divenendo cantina, mentre gli altri due rimasero in abbandono. Nel 1909 l’Ufficio Regionale dei Monumenti dell’Emilia, grazie all’interessamento dell’ispettore locale Gaetano Ballardini, provvide ad alcuni lavori di restauro. Nel 1953 il parroco don Stefano Belli eseguì alcuni lavori per aprire la cripta al culto; da questo intervento rimase però escluso l’ambiente di destra. Nel 1997 l’ultimo scavo porta alla luce la parte più antica: si trattava, dunque, di una chiesa con due absidi in cui venivano venerati i due santi.