I palchi delle cantorie degli organi sono antichi e databili, almeno per la parti centrali al Seicento, ma sono realizzati in periodi diversi. Più antica è la cantoria di destra, con lo stemma del vescovo senese Cennini dei Salamandri (1623-1643), che è appunto una salamandra. L'altra, fatta eseguire dal vescovo Giovan Francesco Negroni di Genova (1687-1697), oltre alle sue imprese, raffigura,in omaggio al suo nome il battista e San Francesco.
Il pittore delle opere al centro della cantoria di destra è il bolognese Alessandro Tiarini che dovrebbe avere realizzato i tre dipinti (Consegna delle chiavi, San Paolo e un Santo Vescovo nell'ultima fase della sua lunga carriere, ovvero dopo il 1640.
le tre tele al centro della cantoria di sinistra (San Francesco, San Giovanni Battista e la Pesca miracolosa) sono ritenute opera di un pittore non faentino, che ha operato solo in questa occasione, ed è definito da Antonio Corbara come «anonimo ispaneggiante».
AI lati delle due cantorie vi sono quattro tavolette tardo-gotiche, evidenti parti di uno stesso smembrato polittico di cui non ci sono noti né il pannello centrale né l'originaria ubicazione.