L’ambiente al centro è a due navate coperte da volte a crociera con diversi costoloni che poggiano sopra tre colonne centrali, semicolonne e lesene laterali. La copertura, nell’abside, è ottenuta da voltine che convergono verso la terza colonna. L’ambiente è diviso trasversalmente all’altezza della seconda colonna da due gradini, mentre il vano era illuminato da un’unica finestra al centro dell’abside la quale venne successivamente ingrandita nel corso dei lavori settecenteschi, per la ricostruzione della chiesa soprastante. All’ambiente si accedeva attraverso una porta ora tamponata, ma ancora visibile nel muro della navata sinistra. L’attuale ingresso, costruito probabilmente sempre nel ‘700, è invece ottenuto tramite un’apertura a breccia nella parete di destra. Un elemento importante della cripta è senza dubbio l’impiego di materiale di recupero romano: le tre colonne centrali sono infatti formate da frammenti di colonne romane, mentre i capitelli sono stati sostituiti da tre basi, anch’esse romane, reimpiegate e capovolte. Come plinto di fondazione della seconda colonna, venne utilizzata una lastra di calcare che reca una famosa iscrizione romana della prima età imperiale: “erto sagaris”, in lettere capitali. L’iscrizione latina allude all’elogiata produzione tessile faentina artigianale citata da Plinio e fabbricante mantelli militari.